Trong tương lai gần, mực nước biển bất ngờ dâng cao một cách khó hiểu, nhấn chìm phần lớn nền văn minh nhân loại. Ikaruga Natsuki, một cậu bé đã mất mẹ và đôi chân trong một tai nạn bi thảm vài năm trước, trở về quê nhà sau khi cuộc sống ở thành phố lớn trở nên quá khắc nghiệt. Tuy nhiên, nơi cậu từng gọi là nhà giờ đây đã bị biển nuốt chửng một nửa. Không còn người thân, tài sản duy nhất Natsuki có là một con tàu và tàu ngầm cũ do bà nội, một nhà hải dương học, để lại cùng với một khoản nợ lớn.